Trường trung học cơ sở (THCS) Nguyễn Khắc Nhu - Thành phố Bắc Giang ngày nay nằm trên địa bàn thôn Song Khê 1, xã Song Khê, thành phố Bắc Giang được phát triển trên cơ sở trường cấp I - II Chí Minh:

+ Tháng 9 năm 1961 trường được thành lập với tên gọi trường cấp I-II Chí Minh. Năm học đầu tiên trường chỉ có 1 lớp với 58 học sinh do ông Nguyễn Quang Thau làm Hiệu trưởng. Trường phải học nhờ ở đình làng thôn Yên Khê;

+ Tháng 9 năm 1962 trường được tách ra với tên gọi Trường cấp II Chí Minh;

+ Năm 1978 trường chuyển về thôn Song Khê ( khu trường hiện nay), sát nhập với trường cấp I đổi tên là Trường cấp I - II Song Khê;

+ Tháng 9 năm 1991 trường tách cấp I, II và khối cấp II đổi tên thành Trường THCS Song Khê nhưng cả hai trường vẫn chung về cơ sở vật chất, khuôn viên chật hẹp, khó khăn bộn bề, song thày và trò nhà trường đã dần dần vượt qua mọi khó khăn thử thách đó để hoàn thành nhiệm vụ được giao.

Tháng 9 năm 1997 Trường THCS Song Khê vinh dự đổi  tên thành Trường THCS Nguyễn Khắc Nhu ( lấy tên nhà nho yêu nước là người con của Song Khê). 

Từ năm 2006-2007  Trường THCS Nguyễn Khắc Nhu đã được quản lý toàn bộ về cơ sở vật chất ở khuôn viên hiện nay. Công tác xây dựng cơ sở vật chất của nhà trường được quan tâm đầu tư và đến 31/12/2007 Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang đã ký quyết định số 2404/QĐ-UBND cấp bằng cộng nhận Trường THCS Nguyễn Khắc Nhu đạt chuẩn quốc gia  giai đoạn 2007-2012.  

Trước đây trường trực thuộc huyên Yên Dũng, từ ngày 1/11/2011 trường sáp nhập về thành phố Bắc Giang đã được quan tâm đầu tư nâng cấp cơ sở vật chất ngày một khang trang, tháng 12/2013 đã được công nhận lại đạt tiêu chuẩn trường chuẩn quốc gia;

        Quy mô hệ thống trường lớp hiện nay :

+ Hiện nay trường THCS Nguyễn Khắc Nhu có 8 lớp với 197 HS ở 4 khối lớp :

          Khối 6 có 2 lớp với 57 học sinh.

Khối 7 có 2 lớp với 33 học sinh.

Khối có 2 lớp với 52 học sinh

Khối 9 có 3 lớp với 55 học sinh.

 + Đội ngũ: Tổng số CBGV: 24 trong đó BGH 02; Hành chính 04; Giáo viên 18, 100% CBGV đều đạt chuẩn trở lên năm học vừa qua trường có: 02 giáo viên giỏi cấp tỉnh; 03 giáo viên giỏi cấp thành phố;

Nhà trường có khuôn viên sư phạm sạch, đẹp có đủ 8 phòng học cho 8 lớp; các phòng chức năng, phòng truyền thống, thư viện, các phòng hiệu bộ, hai công trình vệ sinh, nguồn nước sạch đảm bảo tiêu chuẩn của trường chuẩn quốc gia. Trải qua bao nhiêu biến động thay đổi, cùng  sự phát triển của đất nước, trường THCS Nguyễn Khắc Nhu đã không ngừng phát triển cả về số lượng và chất lượng. Trường liên tục đạt danh hiệu trường tiên tiến và tiên tiến xuất sắc.